En un futuro próximo, una subida repentina e inexplicable del nivel del mar ha dejado a gran parte de la civilización humana bajo el agua. Ikaruga Natsuki, un niño que perdió a su madre y su pierna en un accidente unos años antes, regresa desilusionado de una dura vida en la gran ciudad para encontrar su antigua casa en el campo medio tragada por el mar. Sin familia, lo único que tiene a su nombre es el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanóloga y sus deudas. Su única esperanza de restaurar los sueños para el futuro que ha perdido es aprovechar la oportunidad que le presenta la sospechosa cobradora de deudas Catherine. Zarpan para buscar las ruinas hundidas del laboratorio de su abuela para encontrar un tesoro que, según los rumores, ella dejó allí. Pero lo que encuentran no son riquezas ni joyas; Se trata de una extraña niña dormida en un ataúd en el fondo del mar. Atri. Atri es un robot, pero su apariencia y su riqueza de emociones engañarían a cualquiera haciéndole creer que es un ser humano vivo y que respira. En agradecimiento por haber sido salvada, le hace una declaración a Natsuki: "Quiero cumplir la orden final de mi maestro. Hasta que lo haga, ¡seré tu pierna!" En un pequeño pueblo que poco a poco está siendo envuelto por el océano, un verano inolvidable está a punto de comenzar para este niño y esta misteriosa niña robot.
