En la primera temporada de B: The Beginning, dos hombres se enfrentaron a su propio pasado con gran sacrificio. El detective inconformista Keith Flick luchó contra sus demonios y finalmente expuso los oscuros secretos detrás del Reino de Cremona. El niño prodigio mutante Koku finalmente se reunió con el recuerdo más preciado de su infancia robada. Han pasado varios meses desde entonces, y el mundo entero parece haber olvidado la agitación causada por esos eventos. Cuando Keith regresa a la Policía Real para realizar su propia investigación, Koku y Yuna intentan disfrutar de una vida normal y corriente en paz. Pero las consecuencias de los experimentos de Jaula Blanca están lejos de extinguirse, como pronto descubre Koku cuando su compañero de laboratorio supuestamente muerto, Kirisame, aparece repentinamente.
