Excel Saga trata acerca de las desventuras de la organización secreta ideológica ACROSS, de quién hace parte la hiperactiva Excel, quién no quiere hacer nada más que complacer a su señor, Lord Ilpalazzo, el cuál quiere dominar el mundo. Las desventuras de Excel y de su compañera Hyatt, quién muere constantemente, las llevan a hacer todo tipo de impertinencias. Todo en este mundo es parodiado y bizarro, incluso hasta el mismo director.