"Erase una vez, las hadas eran herramientas de guerra". La historia tiene lugar en un mundo donde las hadas poseen y habitan en animales, dándoles habilidades misteriosas. Al remover los órganos de un animal poseído y trasplantarlos a los humanos, las hadas pueden ser convocadas como un alter ego y ser usadas como un arma. Tales individuos que usaban hadas como herramientas de guerra eran llamados "Soldados de hadas". Una vez que la guerra termino y completaron sus roles, los soldados perdieron su proposito. Algunos comenzaron a trabajar para el gobierno, otros se unieron a la mafia y algunos incluso se convirtieron en terroristas, ya que cada uno eligió su propio modo de vivir. Han pasado nueve años desde la guerra. La protagonista Mariya es una nueva recluta de "Dorothea", una organización que investiga y suprime los delitos relacionados con las hadas. En medio de la inestable situación política, criminales con heridas persistentes de la guerra y conflictos pasados emergen y se involucran en el terrorismo como un acto de venganza. Esta es la historia de Fairy Soldiers, luchando por su propia justicia en un mundo caotico de posguerra.
