La historia presenta el sistema Gunpla Battle Nexus Online que permite sumergirse en un mundo virtual para librar batallas con maquetas. El protagonista es Riku Mikami, un joven que decide entrar en el Gunpla Force Battle Tournament tras verse inspirado por la batalla final entre el campeón Kyoya Kujo y el aspirante Rommel en la edición del año anterior. Con su Gundam 00 Diver intentará convertirse en el mejor de los pilotos.
