se ubica 50 años despues de la batalla final contra la Reina Himika y el Imperio Yamatai en la isla de Kyushu, al sur de Japon. La isla hoy en dia esta cubierta por una densa capa de niebla oscura desde el dia de la batalla final, que la mantiene aisala del resto de Japon y asi ha permanecido por 50 años, hasta que un dia cuando esa barrera empieza a moverse, un temblor csacude Japon y de una montaña aparece un "Haniwa Genjin", un monstruo gigante, y la Reina Himiko y sus 3 generales, quienes no habian sido destruidos sino solamente sellados, vuelven a la vida y mantienen sus intenciones de hacerse de la campana de bronce y destruir a la humanidad. En esta oportunidad el encargado de hacerles frente sera Kenji Kusanagi, un estudiante de secundaria, quien se convertira en el piloto del nuevo Kotetsushin Jeeg. Cabe resaltar que a diferencia del Jeeg anterior donde Hiroshi Shiba se convertia en la cabeza del robot, en esta nueva version.
