La historia se centra en Hana Asakura, hijo de You Asakura y Anna Asakura, unos 14 años después de la Shaman Fight en Tokio 2000. Hana ha crecido hasta convertirse en un niño perezoso y brutal. No se preocupa por sus estudios, se salta las clases a menudo, se mete en peleas entre pandillas, y se siente muy aburrido de su vida cotidiana. Todo eso cambia cuando los miembros de la rama de la Familia Asakura, Yohane y Luca, llegan a desafiar y matar a Hana y su padre Yoh para tomar su lugar como la casa principal. Hana empieza a aprender sobre la próxima "Flower of Maize", la cual es una batalla de poder entre los Shaman Kings.
