Ittoki Sakuraba era un estudiante normal y corriente, hasta que su vida dio un vuelco. Descubre que es el decimonoveno heredero de los famosos ninjas Iga. Los Iga deben intentar defender lo que es suyo de los Koga, un clan rival que quiere acabar con la vida de Ittoki. A Ittoki no le queda más remedio que convertirse en un shinobi lo suficientemente fuerte como para no sólo protegerse a sí mismo, sino también a su aldea. Ahora, como estudiante de la Academia Ninja Kokuten, una escuela superior especializada en técnicas shinobi, Ittoki aprende el camino del ninja moderno, equipado con trajes y artilugios de alta tecnología. Junto con estudiantes de otras aldeas, Ittoki se enfrenta a los Koga en un intento de acabar con la rivalidad de una vez por todas
