Un estudiante de secundaria solitario encuentra su trabajo ideal como ninja moderno para asesinatos internacionales. Después de la Segunda Guerra Mundial, el Comando Aliado en Japón estableció una agencia de ninjas para manejar el terrorismo en el Pacífico, inicialmente enfocados en asuntos locales pero ahora gestionando a 20,000 ninjas en asuntos nacionales e internacionales. Entre ellos se encuentra Kudo, un joven de diecisiete años, quien se convierte en la defensa de Tokio contra posibles invasiones de asesinos extranjeros.